Buenas Julio!!!
No se que furgo tienes y que consumos estimas tener en el día a día, pero dos baterías de 316ah son bastante. En nuestra antigua furgo teníamos 230ah e íbamos sobrados. En esta nueva tenemos 4800w a 24v (dos de 2400w en paralelo) pero porque trabajaremos baterías de litio y una instalación un poco más compleja a 24v.
Dependiendo de tu instalación en general te diría que utilices o 12 o 24v. Y en cada caso que conectes las baterías en paralelo o en serie. Lo malo es conectar una batería vieja a una nueva en paralelo, pero si son nuevas, misma marca y modelo, en principio no tiene nada de malo.
Por lo de cargar con el alternador no me preocuparía, hay conversores que pueden solucionarte el problema.