Buenas Vero,
Para tratar la madera contra el agua, humedad o para facilitar te recomendaría utilizar un barniz minimo satinado (entre brillo y mate), a más brillo más resistente.
Pero si estamos hablando de la encimera te diré que la madera de pino es muy blanda. Te recomendaría utilizar una madera más dura (roble o haya) y mejor aún un tipo de tablero que sea especial para encimera. Ahora están de moda los tableros de bamboo para las encimeras de cocina para furgo y quedan muy bonitos.
Espero haberte ayudado!